Planeta žije díky životnímu proudu, cyklu existence, který propojuje vše živé. Avšak korporace Shinra Electric Power Company bezohledně čerpá tuto esenci v podobě mako energie, aby poháněla svůj svět, aniž by se zajímala o jeho osud. Proti této hrozbě povstává Cloud Strife, bývalý elitní voják SOLDIER, a jeho spojenci Tifa, Aerith, Barret a Red XIII, kteří prchají z města Midgar a vydávají se na nebezpečnou cestu napříč planetou.
Putování zavede skupinu do rozlehlých krajů, kde se setkávají s ikonickými místy a neustále se přibližují ke svému osudovému střetu s Sephirothem, padlým hrdinou, jehož přítomnost věští zkázu. Zatímco se jejich příběh odvíjí, Zack Fair, bývalý SOLDIER 1. třídy, se snaží překonat pustiny vedoucí do Midgaru, zatímco nese svého přítele na pokraji života a smrti. Nad tím vším se na obloze objevuje zlověstná trhlina, která naznačuje příchod událostí, jež otřesou celou planetou.
Mezitím se svět zmítá v chaosu – odboj Wutai vyhlašuje válku Shinře, tajemné bytosti v černých pláštích odnášejí ostatky Jenovy, a samotná planeta se brání tím, že probouzí své legendární ochránce známé jako Zbraně. Blíží se krize, která rozhodne o osudu všeho živého.
